O Curso de Mestrado em Economia (CME) foi fundado no início da década de 1970, surgindo como um dos primeiros programas de pós-graduação stricto sensu da Universidade Federal da Bahia. Contou, em seu início, e por mais alguns anos, com o apoio financeiro e técnico da Fundação Rockfeller, o que permitiu que o corpo docente inicial fosse constituído por professores formados no exterior, particularmente nos EUA, e de diversas nacionalidades, entre elas a argentina, a chilena e a indiana, além da participação de professores vinculados a outras unidades da universidade com experiência em atividades de pós-graduação. Posteriormente, à medida em que as atividades do curso transcorriam e se consolidavam, tornou-se possível a formação de um corpo docente próprio, constituído por doutores, entre eles, mestres oriundos do próprio programa, mas que cursaram o doutoramento em outras instituições brasileiras e do exterior, afora aqueles novos contratados diretamente, já com o título de doutor.
Ao longo de seus mais de cinquenta anos de existência, o Curso de Mestrado em Economia (CME) da Universidade Federal da Bahia tem desempenhado importante papel na formação de recursos humanos qualificados para diversas instituições e organizações de relevo, sobretudo no âmbito estadual e regional, mas também no plano nacional. Por outro lado, o CME integra as primeiras iniciativas de organização de instituições de estímulo, regulação e desenvolvimento do ensino e da pesquisa em economia do país, fazendo parte, em 1973, da fundação da Associação Nacional dos Centros de Pós-Graduação em Economia (ANPEC), entidade que congrega as instituições brasileiras que desenvolvem atividades de pesquisa e formação em nível de pós-graduação na área de Economia.
Do ponto de vista operacional, em conformidade com a proposta do Curso de Doutorado em Economia (CDE), em vigor desde o primeiro semestre de 2014, as linhas de pesquisa e o planejamento da grade curricular do Curso de Mestrado foram alinhados com a estrutura do Curso de Doutorado, concebendo-se um programa integrado e semestralizado, dando conta das demandas de disciplinas obrigatórias e optativas em comum para esses dois níveis de formação.
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